Balkan Savaşı'ndan sonra, ilk olarak Umur-i Baytariye görevinden (1913), sonra yayınlarının hükümetle uygun düşmemesi nedeniyle aldığı ikaz üzerine Darülfünun müderrisliği görevinden (1914) ayrıldı. Yalnızca Halkalı Ziraat ve Baytar Mektebi'ndeki görevine devam etti. Harbiye Nezareti’ne bağlı Teşkilat-ı Mahsusa'dan gelen teklif üzerine İslam birliği kurma gayesi güden Almanya’ya (Berlin’e ) Tunuslu Şeyh Salih Şerif ile birlikte gitti. (1914). İngilizlerle birlikte Osmanlı'ya karşı savaşırken Almanlar'a esir düşmüş Müslümanların kamplarında incelemelerde bulundu ve farkında olmadan Osmanlı’ya karşı savaşan bu Müslüman esirleri aydınlatmaya çalıştı. Fransız ordusundaki Müslümanlara yönelik yazdığı Arapça beyannameler cephelere uçaklardan atıldı. Almanya’da iken yazdığı Berlin Hatıraları adlı şiirini dönünce Sebilürreşad’da yayınladı.

İstanbul'a döndükten sonra 1916 başlarında Teşkilat-ı Mahsusa tarafından Arabistan'a gönderildi. Görevi, bu topraklardaki Arapları Osmanlı'ya karşı kışkırtan İngiliz propogandası ile mücadele etmek için "karşı propaganda" yapmaktı. Mehmet Âkif, Berlin'deyken heyecanla Çanakkale Savaşı ile ilgili haberleri takip etmişti. On dört ay süren savaşın zaferle sonuçlandığı haberini Arabistan'da iken aldı. Bu haber karşısında büyük coşku duydu ve Çanakkale Destanı'nı kaleme aldı. Arabistan dönüşünde iki ay Lübnan'da kalan Mehmet Âkif, "Necid Çölleri'nden Medine'ye" şiirinde bu seyahatini anlattı