İlköğrenimine Fatih'te Emir Buhari Mahalle Mektebi’nde o zamanların adeti gereği 4 yıl, 4 ay, 4 günlükken başladı. 2 yıl sonra iptidai (ilkokul) bölümüne geçti ve babasından Arapça öğrenmeye başladı. Ortaöğrenimine Fatih Merkez Rüştiyesi’nde başladı (1882). Bir yandan da Fatih Camii'nde Farsça derslerini takip etti. Dil derslerine büyük ilgi duyan Mehmet Âkif, rüştiyedeki eğitimi boyunca Türkçe, Arapça, Farsça ve Fransızcada hep birinci oldu. Bu okulda onu en çok etkileyen kişi, dönemin "hürriyetperver" aydınlarından birisi olan Türkçe öğretmeni Hersekli Hoca Kadri Efendi idi.

Rüştiyeyi bitirdikten sonra annesi medrese öğrenimi görmesini istiyordu ancak babasının desteği sonucu 1885'te dönemin gözde okullarından Mülkiye İdadisi’ne kaydoldu. 1888’de okulun yüksek kısmına devam etmekte iken babasını kaybetmesi ve ertesi yıl büyük Fatih yangınında evlerinin yanması aileyi yoksulluğa düşürdü. Babasının öğrencisi Mustafa Sıtkı aynı arsa üzerine küçük bir ev yaptı, aile bu eve yerleşti. Artık bir an önce meslek sahibi olmak ve yatılı okulda okumak isteyen Mehmet Âkif, Mülkiye İdadisi’ni bıraktı. O yıllarda yeni açılan ve ilk sivil veteriner yüksekokulu olan Ziraat ve Baytar Mektebi'ne (Tarım ve Veterinerlik Okulu) kaydoldu.^[4]

Dört yıllık bir okul olan Baytar Mektebi'nde bakteriyoloji öğretmeni Rıfat Hüsamettin Paşa pozitif bilim sevgisi kazanmasında etkili oldu.^[5] Okul yıllarında spora büyük ilgi gösterdi; mahalle arkadaşı Kıyıcı Osman Pehlivan'dan güreş öğrendi; başta güreş ve yüzücülük olmak üzere uzun yürüyüş, koşma ve gülle atma yarışlarına katıldı; şiire olan ilgisi okulun son iki yılında yoğunlaştı. Mektebin baytarlık bölümünü 1893 yılında birincilikle bitirdi.

Mezuniyetinden sonra Mehmet Âkif, Fransızcasını geliştirdi. 6 ay içinde Kur'an'ı ezberleyerek hâfız oldu. Hazine-i Fünun Dergisinde 1893 ve 1894’te birer gazeli, 1895’te ise Mektep Mecmuası’nda "Kur'an'a Hitab", adlı şiiri yayınlandı, memuriyet hayatına başladı.